Семнадцатилетний Синъити Кудо — талантливый и амбициозный молодой детектив, чье имя уже известно в узких кругах. Однажды, прогуливаясь с Ран, своей преданной подругой и тайной возлюбленной, он становится свидетелем жестокого преступления. Но его жизнь кардинально меняется, когда преступники, заметив его, решают избавиться от нежелательного свидетеля, заставив его принять таинственную таблетку. Они уверяют, что она мгновенно убьет его, не оставив ни следа. Однако вместо смерти, Синъити сталкивается с ужасной трансформацией: его тело уменьшается, и он превращается в маленького семилетнего мальчика.
Пережив шок и осознание произошедшего, он обращается за помощью к своему другу, эксцентричному ученому, доктору Агасе. Тот вскоре подтверждает худшие опасения — чтобы вернуться в прежний облик, Синъити нужно найти антидот, который может быть скрыт в секретных лабораториях Черного синдиката — могущественной и опасной организации, стоящей за этим преступлением.
Сейчас, когда его физическая сила и статус исчезли, единственным оружием Синъити остаются его интеллект и упорство. Но жить ему приходится в новом обличии, скрывая свою истинную личность, под именем Конан Эдогава. Чтобы не вызывать подозрений, он временно устраивается жить с Ран и ее отцом, бывшим детективом, а теперь частным сыщиком, чьи методы работы оставляют желать лучшего. Став свидетелем множества нелепых расследований, Синъити решает помогать своему новому "семейству", раскрывая преступления, но всегда оставаясь в тени, скрывая свою настоящую сущность.